Ahhoz, hogy megértsük mikor előnyös az alanyi adómentesség választása, nézzük meg, hogyan működik egy áfás vállalkozás. Általános esetben egy nem alanyi adómentes vállalkozás esetén a termék, szolgáltatás nettó árához hozzáadódik az áfa. Például egy 27%-os áfakulcs alá tartozó termék, vagy szolgáltatás esetén ha a termék nettó ára 10. 000 Ft, akkor a bruttó, vevő által megfizetett ár 12. 700 Ft lesz. A fenti módon, a vevő által megfizetett áfa nem a vállalkozás tulajdona, azt be kell fizetnie a NAV felé, de a teljes képhez hozzátartozik, hogy a költség számlákon levő áfa levonható a befizetendő összegből. Ha például egy áfás vállalkozás 5000 Ft-os nettó, azaz6350 Ft-os bruttó áron vásárol meg egy terméket, amit a vevőnek értékesít 10. 000 Ft-os nettó és 12. 700 Ft-os bruttó áron, akkor a fizetendő áfa 2700 Ft -1350 Ft, azaz 1350 Ft lesz. Általánosságban tehát elmondható, hogy minél kisebb a terméken az árrés, annál kisebb lesz a társaság által befizetendő áfa. Továbbá ha cégek felé értékesítünk, akkor a cégek is a nettó árat fogják figyelni, mivel az áfát ők is el tudják számolni, azaz az áfa bevételeik csökkennek a beszerzett, vállalkozótól megvásárolt termék áfa összegével.
A fentiek mellett 15 napon belül be kell jelentenünk a NAV felé, hogy áfás adózóvá váltunk. Ezt követően rendszeresen áfa bevallást kell készítenünk, a költség számlákon levő áfa levonható az értékesített termékek, szolgáltatások számláin feltűntetett áfából. Továbbá számítsunk arra, hogy az adószámunk meg fog változni ( Adószám, közösségi adószám ellenőrzés, lekérdezés vállalkozások, egyéni vállalkozások esetén), melyről a NAV fog értesítést küldeni. Az alanyi adómentesség értékhatárának átlépése maga után vonja azt is, hogy az alanyi adómentesség megszűnését követően még két évig nem választhatjuk az alanyi adómentességet, akkor sem, ha az árbevételünk lecsökkenne. Ha például 2018-ban megszűnik év közben az alanyi adómentességünk, akkor két teljes évig nem választhatjuk az alanyi adómentességet, azaz 2019 és 2020-ban sem, legkorábban 2021. január 1-től lehetünk alanyi adómentesek, de ennek az is feltétele, hogy 2020-ban árbevételünk az alanyi adómentes értékhatár alatt legyen. Alanyi adómentesség esetén is felmerülhet áfa fizetési kötelezettség Bár az alanyi adómentesség egyszerűsítheti az adóbevallást, figyeljük oda arra, hogy bizonyos esetekben felmerülhet az áfa fizetési kötelezettség, ami azzal is jár, hogy áfa bevallást kell készítenünk, és áfát kell fizetnünk, annak ellenére, hogy alanyi adómentesek vagyunk.
Ez esetben mérlegelmi kell, hogy eszközbeszerzései áfa-visszaigénylései lehetősége miatt nem lenne-e célszerűbb az adókötles értékesítést választania. alkalmazása nem kötelező belföldi személy választhatja nyilatkozat alapján a választásra jogosító összeghatár 5. 000. 000 Ft adót nem számíthat fel, de nem is igényelhet vissza nem terheli adó-megállapítási, adóbevallási, adó-nyilvántartási és elszámolási kötelezettség ha a bevétel meghaladja a 5. 000 Ft-ot, akkor a vállalkozás adóalannyá válik azzal a számlával, amivel átlépte az összeghatárt és két évig nem választhatja az alanyi adómentességet.